«القاعده» یکی از شناخته‌شده‌ترین شبکه‌های اسلام‌گرا و «جهادی» جهان، در افغانستان شکل گرفت، تا افریقا رسوخ کرد، با حملات ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ سرنوشت افغانستان را دگرگون نمود و پس از دو دهه فشار نظامی و امنیتی و با از دست دادن دو رهبر، همچنان به‌عنوان یک شبکه بین‌المللی فعال مانده و بار دیگر به افغانستان بازگشته است.
ریشه‌های این گروه به جنگ شوروی در افغانستان و اسامه بن‌لادن، بنیان‌گذار آن، برمی‌گردد. بن‌لادن در سال ۱۹۵۷ در عربستان سعودی و در خانواده‌ای ثروتمند به دنیا آمد. او در دهه ۱۹۸۰ برای حمایت از جنگجویان مخالف نیروهای شوروی (مجاهدین) وارد افغانستان شد و در کنار عبدالله عزام، روحانی فلسطینی، شبکه‌ای برای جذب و پشتیبانی جنگجویان خارجی ایجاد کرد. القاعده در سال ۱۹۸۸ میلادی از دل همین شبکه شکل گرفت. بن‌لادن در آن زمان به دلیل منابع مالی و ارتباطات گسترده‌اش، یکی از چهره‌های مهم این جریان بود.
کمیسیون ۱۱ سپتامبر می‌گوید القاعده پس از خروج شوروی از افغانستان، برای مدتی در سودان مستقر شد؛ اما بن‌لادن در سال ۱۹۹۶ دوباره به افغانستان بازگشت. طالبان که در آن زمان در حال گسترش سلطه خود بودند، به او و شبکه‌اش پناه دادند.
طبق گزارش این کمیسیون، در این دوره، اردوگاه‌های آموزشی القاعده در افغانستان به محل آموزش جنگجویان تبدیل شد و رابطه این شبکه با طالبان عمیق‌تر شد.
گزارش‌های عمومی می‌رساند که بن‌لادن به عنوان یک تاجر ثروتمند، حامی مالی القاعده بود و از ثروت شخصی خود این شبکه را تمویل می‌کرد. اما برخلاف این تصور رایج، تحقیقات کمیسیون ۱۱ سپتامبر نشان داده است که بن‌لادن پس از انتقال از سودان به افغانستان «ثروت شخصی قابل‌توجهی» برای تأمین مالی القاعده در اختیار نداشت. این شبکه پیش از ۱۱ سپتامبر حدود ۳۰ میلیون دالر در سال برای فعالیت‌های خود هزینه می‌کرد که بخش عمده آن از طریق کمک‌های مالی، شبکه‌ای از جمع‌آوری‌کنندگان پول و انحراف بخشی از کمک‌های خیریه تأمین می‌شد. انتقال پول نیز از شبکه‌های غیررسمی «حواله» در خاورمیانه و پاکستان انجام می‌شد.
حملا القاعده علیه امریکا در سال ۱۹۹۸ آغاز شد. ابتدا به سفارت‌های امریکا در کنیا و تانزانیا حمله کرد و در سال ۲۰۰۰ به ناو امریکایی «یواس‌اس کول» در یمن حمله کرد. یک سال بعد، در ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱، ۱۹ هواپیماربای وابسته به القاعده چهار هواپیمای مسافربری را ربودند؛ دو هواپیما به برج‌های مرکز تجارت جهانی در نیویورک و یکی به ساختمان پنتاگون برخورد کرد. نزدیک به سه هزار نفر در این حملات کشته شدند.
پس از حملات ۱۱ سپتامبر، امریکا به افغانستان حمله کرد و حکومت طالبان سقوط کرد. کمیسیون ۱۱ سپتامبر می‌گوید ساختار متمرکز القاعده در افغانستان پس از سقوط طالبان از هم گسیخت، اما این شبکه منحل نشد؛ بن‌لادن به پاکستان رفت و القاعده به‌تدریج به مجموعه‌ای از «شاخه‌های منطقه‌ای» تبدیل شد. بن‌لادن در سال ۲۰۱۱ در پاکستان کشته شد و ایمن الظواهری رهبری شبکه را برعهده گرفت. الظواهری نیز در سال ۲۰۲۲ در کابل در حمله پهپادی امریکا کشته شد.
با وجود کشته‌شدن رهبران اصلی، القاعده همچنان از طریق شاخه‌های منطقه‌ای خود فعالیت می‌کند و پس از روی کار آمدن مجدد طالبان در افغانستان در سال ۲۰۲۱، القاعده نیز بار دیگر به افغانستان بازگشته است.
تیم نظارت شورای امنیت در فبروری ۲۰۲۶ در گزارش سی‌وهفتم خود اعلام کرد که القاعده همچنان «جاه‌طلبی» انجام حملات خارجی را حفظ کرده است. این گزارش همچنین می‌گوید: «مقام‌های حاکم طالبان در افغانستان محیط مساعد برای فعالیت شماری از گروه‌های تروریستی، از جمله القاعده فراهم کرده‌اند.»
به این ترتیب، القاعده از یک شبکه کوچک شکل‌گرفته در بستر جنگ افغانستان علیه شوروی، به سازمان جهانی تبدیل شد. سازمانی که پس از نابودی ساختار اولیه‌اش، به‌جای ناپدیدشدن، خود را در قالب «شاخه‌ها و شبکه‌های منطقه‌ای» بازآرایی کرد و با قدرت‌گیری دوباره‌ی طالبان، بار دیگر به افغانستان بازگشته است.
اگرچند طالبان بارها حضور القاعده در افغانستان را رد کرده‌اند، اما جدا از کشته شدن رهبر القاعده در کابل که موجه‌ترین سند مبنی بر عضور این شبکه جهادی در کشور است، کینگز کالج لندن، در گزارشی که در سال ۲۰۲۵ منتشر کرد، می‌گوید شواهد سازمان ملل نشان می‌دهد القاعده اکنون در افغانستان دست‌کم ۱۰ اردوگاه آموزشی دارد. این گزارش تأکید می‌کند که برآوردهای غیرتأییدشده حتا ارقام بسیار بالاتری، بین ۳۰ تا ۱۰۰ مرکز، مطرح کرده‌اند.
